金华南站是地下双层岛式车站，地下一层为站厅层，地下二层为站台层。金华南站主体布置在金瓯路与湖杨街交叉口处，沿湖杨街南北向呈一字型布置。车站西侧为现代同心阁、麻车塘、翡翠城等住宅社区，东侧为金华南火车站、站前广场、火车站地下停车场等。 车站共设5个出入口，A、B、C、D、E口，其中C口通道是国铁换乘通道，D口通往火车站地下停车场，E口与金华南火车站出站口相连，实现轨道交通与国铁“零距离”换乘。全站设有一个客服中心，2个安检点（目前启用2个），站台中部及A出入口设有无障碍电梯，在站台层设有公共卫生间、无障碍卫生间、母婴室等便民服务设施。